আরাকান আমলে চট্টগ্রাম বন্দরের সমৃদ্ধি ঘটলেও সে সময় দৌরাত্ম বেড়ে যায় পর্তুগীজ এবং মগ জলদস্যুদের। এরা চট্টগ্রামের আশেপাশে সন্দ্বীপের মত দ্বীপে ঘাঁটি গেড়ে বাংলার বিভিন্ন অঞ্চলে লুটপাট করত এবং লুটের সামগ্রী চট্টগ্রাম বন্দরে এনে বিক্রি করত। মূল্যবান সামগ্রী ছাড়াও তারা বাংলার বিভিন্ন অঞ্চল থেকে কিশোর-কিশোরী কিংবা সাধারণ নাগরিকদের তুলে নিত দাস হিসেবে বিক্রি করার উদ্দেশ্যে।
বাংলায় যখন জলদস্যুরা অত্যাচার চালাচ্ছিল সে সময় সম্রাট শাহজাহানের চার পুত্রের মধ্যে সিংহাসন নিয়ে দ্বন্দ্বে পরাজিত শাহ সুজা পালিয়ে আরাকানে আশ্রয় নেন। শাহ সুজার কন্যাকে আরাকান রাজ বিয়ে করতে চান, কিন্তু মুঘল যুবরাজ শাহ সুজা কিছুতেই আরাকান রাজার কাছে তার কন্যাকে বিয়ে দেবেন না। এই নিয়ে সংঘর্ষে শাহ সুজা সপরিবারে নিহত হন। মুঘল সিংহাসন দখলে শাহ সুজা ছিলেন আওরঙ্গজেবের প্রতিদ্বন্দ্বী। তবুও ভ্রাতৃ হত্যা মেনে নিতে পারেন নি সম্রাট আওরঙ্গজেব। অবিলম্বে তিনি চট্টগ্রামকে আরাকান মুক্ত করতে তার অন্যতম সেরা সেনাপতি শায়েস্তা খানকে অভিযানের আদেশ প্রদান করেন। তবে চট্টগ্রাম দখল এত সহজ ছিল না, কারণ চট্টগ্রাম ছিল আরাকানদের এক সমৃদ্ধ বন্দর, যেখানে ছিল এক শক্তিশালী নৌঘাঁটি এবং দুর্ভেদ্য দুর্গ। এই বাহিনীতে ছিল ঘুরবা, জালবা, খালুস ও ঢুমাস নামের নৌযান। এগুলো এমন শক্ত কাঠ দিয়ে বানানো হত যে ছোট আকারের কামানের ঘায়েও ক্ষতিগ্রস্ত হত না।
শায়েস্তা খান যখন বাংলার সুবেদার বা শাসক হয়ে আসেন সে সময় চট্টগ্রাম মারাক-উ নামের এক আরাকান রাজ্যের প্রধান বন্দর। ফলে বন্দরের নিরাপত্তার জন্য আরাকান সম্রাট এক শক্তিশালী নৌবাহিনী গঠন করেছিল। তবে চট্টগ্রামের নিযুক্ত বেশ কিছু আরাকানী শাসকের বিশ্বাসঘাতকতার কারণে আরাকান সম্রাট প্রতি বছর চট্টগ্রামে নতুন করে একদল সেনা পাঠাতেন।
চট্টগ্রাম বন্দর এবং দুর্গ ছিল আরাকান সাম্রাজ্যের গর্ব। চারপাশের সুউচ্চ পাহাড় আর ঘন জঙ্গল দ্বারা প্রাকৃতিক ভাবে সুরক্ষিত ছিল তা। চট্টগ্রাম থেকে ফেনী যেতে ৯৯টি নালা পার হতে হত। এই সকল নালা বর্ষকালে থাকত খুবই খরস্রোতা। দুর্গটি ছিল কর্ণফুলী নদীর পাড়ে। দুর্গের একপাশে প্রায় ৮ গজ প্রশস্ত এক গভীর পরিখা খনন করা হয়। দুর্গের ভেতর দুটি ঝর্ণা প্রবাহিত ছিল। ঝর্ণা দুটির পানি এসে কর্ণফুলী নদীতে পড়ত। বর্ষাকালে এই ঝর্ণা বেশ বড় আকারের খালে পরিণত হত।
৮ মার্চ, ১৬৬৪ সালে শায়েস্তা খান বাংলার সুবেদার হিসেবে নিয়োগ প্রাপ্ত হন। ঢাকায় এসে তিনি একটি শক্তিশালী নৌবাহিনী গড়ে তোলার উদ্যোগ গ্রহণ করেন। তৈরি হয় ৭৬৮টি নৌকার সশস্ত্র এক বহর। তার এই নৌবহরের অবস্থান ছিল ঢাকায়। এই বাহিনীতে ৯২৩ জন ফিরিঙ্গি বা পর্তুগীজ নাবিক ছিলেন। নবাব মূলত হুগলীর পর্তুগীজদের তার নৌবহরে অর্ন্তভুক্ত করে নেন। পুরো এই নৌবহর প্রতিপালনে বার্ষিক ব্যয় হত তখনকার ৮ লাখ রুপি। এই অর্থ আসত নবাবের ১১২টি মহল বা জমিদারী থেকে যেগুলো নাওয়ারা নামে পরিচিত ছিল। চট্টগ্রাম অভিযানের প্রস্তুতি হিসেবে নবাব হুগলী বন্দরে অবস্থিত ডাচ বা ওলন্দাজ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানিকে আদেশ করেন তার সেনাদলকে সাহায্য করার জন্য।
চট্টগ্রাম অভিযানের আগে মীর মুর্তাজা খান নামে নবাবের এক সেনাপতি ঢাকা এবং এর আশেপাশের এলাকা থেকে প্রায় হাজার খানেক কুঠার সংগ্রহ করেন। এই সকল কুঠার চট্টগ্রামের জঙ্গল কাটার জন্য ব্যবহার করা হয়। যাত্রা শুরুর কয়েকদিনের মধ্যে নবাবের পুত্র বুজুর্গ উম্মিদ খান সমস্ত সেনাদল নিয়ে ফেনী নদী পার হন। তিনি ছিলেন এই বাহিনীর প্রধান সেনাপতি। ফেনী নদীর অপর পাড় থেকে শুরু হত আরাকান রাজত্ব। ফেনীর কাছে জাগদিয়া নামক এলাকায় একটি মুঘল ঘাঁটি ছিল। মুঘল সেনাদল এই ঘাঁটি থেকে চট্টগ্রামে চূড়ান্ত হামলার জন্য প্রস্তুতি নেয়। সিদ্ধান্ত গ্রহণ করা হয় স্থল এবং নৌপথে হামলা চালানো হবে।
নবাবের বাহিনীতে ২৮৮টি নৌযান ছিল। এগুলোর মধ্যে ছিল ঘুরাব, সালাব, কোষা, জালবা, বাচারি, পারেন্দা নামক নৌকা। ২৩ জানুয়ারি, ১৬৬৬ সালে কর্ণফুলী নদীর মোহনায় মুঘল নৌবাহিনী আরাকান নৌবাহিনীর উপর আক্রমণ চালায়। দুইদিনের মধ্যেই মুঘল বাহিনীর নৌযুদ্ধ কৌশলের কাছে আরাকান নৌবাহিনী হার মানতে বাধ্য হয়। এই নৌযুদ্ধে নবাবের বাহিনী শত্রুপক্ষের ১৩৫ টি নৌযান দখল করে। তবে চট্টগ্রাম দুর্গ থেকে আরাকান সেনারা প্রতিরোধ চালিয়ে যাচ্ছিল। নৌযুদ্ধের পরাজয়ের পর তাদের মনোবল ভেঙ্গে পড়ে ফলে দুর্গ রক্ষায় নিয়োজিত আরাকানী সেনারা পালিয়ে যেতে শুরু করে। ১৬৬৬ সালের ২৬ জানুয়ারি আরাকান দুর্গের পতন ঘটে। চট্টগ্রামের আরাকানী শাসককে সপরিবারে বন্দী করে ঢাকায় নিয়ে যাওয়া হয়। শায়েস্তা খানের চট্টগ্রাম জয়ের মধ্যে দিয়ে এই অঞ্চল এবং বন্দর মুঘল ভারতের বাংলা পরগণা বা প্রদেশের এক অংশে পরিণত হয় যা আজ বাংলাদেশের এক অবিচ্ছেদ্য অংশ।
